Buenas,
En principio, al menos que te de algún problema, que problema hay en que se duerma en brazos??? Mi peque lo hacia y me encantaba, es más, ahora a veces lo hace.
Lo de despertarse puede ser porque la intentes poner inmediatamente dormida, es decir, los pequeños hasta que no han pasado unos 20min, depende del niño, no están en sueño profundo, con lo que si la intentas pasar antes lo nota.
No se intenta ir probando con la cuna si no te convence los brazos, lo que si te recomiendo es que si llora no la dejes sóla, abrazala con mucho cariño y escuchala con atención.
Hay niños que les cuesta mucho dormirse, y necesitan llorar para descargar estres y regular el hipotálamo y poder dormir. Si ese es tu caso los masajes ayudan mucho y que descarguen llorando también.
Te recomiendo, si tienes tiempo, dos libros que me han gustado mucho "Dormir sin Lágrimas" de Rosa Jové y "Mi Bebe lo Entiende Todo" de Aletha J. Solter.
Besos