Hola, Javichus.
Cuando estás embarazada, antes de dar a luz puedes estar de baja por dos motivos:
1. por incapacidad temporal (esto es cuando estás enferma pero no tiene nada que ver con tu embarazo, por ejemplo, un esguince). No te descuenta días por maternidad y te la da el médico. Puede ocurrir que nazca el bebé y pasadas las 16 semanas sigas de baja por esta enfermedad que no tiene nada que ver con el embarazo.
2. por riesgo durante el embarazo (es cuando tu trabajo influye de manera negativa en tu embarazo o tienes amenaza de aborto, o tienes alguna enfermedad que hace peligrar el bebé). Esta baja puede durar todo el embarazo, o las últimas semanas. Esta baja termina en el momento en el que nace el bebé. No te descuenta días por maternidad y también te la da el médico.
Otra cuestión es que tu pidas la baja por maternidad antes de que nazca el niño. Esto puedes hacerlo teniendo en cuenta que tienes que dejar un mínimo de 6 semanas para después del nacimiento. (que por lo que cuentas este no es tu caso)
Resumiendo, que no te pueden descontar días ni de la baja por maternidad ni de las vacaciones.
Yo te recomiendo que si tienes alguna duda visites la página de la seguridad social pulsa_aquí y en lo más visitado mires lo que pone de la maternidad.
Un saludo